מתוך המקור המקראי הזה אנו יכולים ללמוד כי לאחר הנפת העומר מתחיל תהליך של חמישים יום בו אנו סופרים את העומר. המקרא מגדיר בצורה לא ברורה את מועד תחילת הספירה כאשר הוא מציין: "וספרתם לכם ממחרת השבת" ולקורא לא ברור לאיזה יום מכוונים הדברים. פרשנותם של הפרושים מלמדת אותנו כי 'ממחרת השבת' כוונתו ממחרת השבתון ממלאכה של חג הפסח – יום החג הצמוד לזבח הפסח בערבו של יום, אבל יש לציין כי פרשנות זו איננה היחידה. הצדוקים קבעו כי יש להמתין עם הספירה עד מוצאי השבת שבחול המועד פסח ורק אז להתחיל לספור. תהליך זה יגרום לכך שחג השבועות יבוא בסיומם של שבעה שבועות שלמים ויחול תמיד ביום א' בשבוע. פרשנות זו של הצדוקים מצאה את מקומה בלוח של השומרונים והקראים הנוהגים כך עד היום.
תקופת ספירת העומר הינה זמן בו נהוגים מקצת מנהגי אבלות, כבר מימי קדם. אנו יכולים להבין מנהגים אלו עוד לפני ששם אבלות נקרא עליהם, על בסיס הרקע החקלאי-אקלימי של הארץ. בספרו "טבע ונוף במורשת ישראל" עומד נגה הראובני על כך שהמאחד את שבעת המינים שבהם נתברכה ארץ ישראל הוא הקשר שלהם עם ימי הספירה. בתקופה זו שבין פסח לשבועות פורחים עצי הזית והגפן, הרימון והתמר, התאנה חונטת את פגיה וגרעיני החיטה והשעורה מתמלאים. תקופה זו הינה גורלית לכל אחד מן המינים.
בגמרא יומא (כ"א ע"ב) אנו קוראים: אמר רבי יצחק בר אבדימי במוצאי יום טוב האחרון של חג הכל צופין לעשן המערכה. נוטה כלפי צפון עניים שמחין ובעלי בתים עצבין מפני שגשמי שנה מרובין ופירותיהן מרקיבין. נטה כלפי דרום עניים עצבין ובעלי בתים שמחין מפני שגשמי שנה מועטין ופירותיהן משתמרין. נטה כלפי מזרח הכל שמחין. כלפי מערב הכל עצבין. ... רוח צפונית יפה לחטין בשעה שהביאו שליש וקשה לזיתים בזמן שהן חונטין. רוח דרומית קשה לחטין בשעה שהביאו שליש ויפה לזיתים בזמן שהן חונטין..."
החלק הראשון של דברי התלמוד מדבר על העשן המתמר מהמזבח בחג הסוכות ומבשר לנו את טיבה של השנה החקלאית המתחילה עם סיום החג. החלק השני מתייחס לטיבה של הרוח עבור החיטה והזיתים. ספירת העומר הינה עונה של תהפוכות אקלימיות - על כן היה האיכר הקדום מלא חששות. האם תקדים הרוח הדרומית והמזרחית החמה את הרוח המערבית והצפונית הקרה? האם יהיו חמסינים טרם זמנם, או גשמים שלא בעונתם? מתוך דאגה לגורלם של היבולים היה האיכר תולה עינים דואגות בשמים - זו הסיבה למצב הרוח הקודר המאפיין תקופה זו של ימי הספירה.
במסכת ראש השנה במשנה (פרק א', משנה ב) אנו ממשיכים וקוראים אודות הסיבה לדאגה: "בארבעה פרקים העולם נדון: בפסח על התבואה, בעצרת על פירות האילן, בראש השנה כל באי עולם עוברין לפניו כבני מרון... ובחג נידונין על המים".
ארבעה ימי דין יש לנו במשך השנה ושלושה מהם ברגלים: בפסח הדין על התבואה, בשבועות על הפירות ובסוכות על המים. הרביעי שבהם הוא יום הדין לאדם.
זאת הסיבה, מלמדת אותנו הגמרא במסכת ראש השנה (ט"ז ע"א) שבכל אחד מהרגלים אנו מקיימים טקסיות מיוחדת הקשורה לעונה החקלאית: עומר בפסח, ביכורים בשבועות, וניסוך המים בסוכות. "תניא אמר רבי יהודה משום רבי עקיבא: מפני מה אמרה תורה הביאו עומר בפסח? מפני שהפסח זמן תבואה הוא! אמר הקדוש ברוך הוא: הביאו לפני עומר בפסח כדי שתתברך לכם תבואה שבשדות. ומפני מה אמרה תורה הביאו שתי הלחם בעצרת? מפני שעצרת זמן פירות האילן הוא! אמר הקדוש ברוך הוא: הביאו לפני שתי הלחם בעצרת כדי שיתברכו לכם פירות האילן. ומפני מה אמרה תורה נסכו מים בחג? אמר הקדוש ברוך הוא: נסכו לפני מים בחג כדי שיתברכו לכם גשמי שנה!.." ובאמצעות השלושה: העומר, הביכורים והמים המתנסכים אנו רוצים להודות לאל על שנתן לנו לחם ופרי לאכול ומים להשקות בהם את שדותינו; אנחנו מקווים שהאל ירצה את קורבננו ויברך אותנו. אבל עד שלא קצרנו ואספנו... דאגנו. רק עם סיומה של התקופה, כאשר הגענו בשלום לחג השבועות, אנו יכולים לשמח, ליזום שמחות ולחזור לשגרת חיינו.
